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A Filogeografia é uma das áreas científicas recentes resultante da disseminação da tecnologia de sequenciação que ocorreu nos anos 90 e do consequente desenvolvimento da análise da variação genética intra-especifica e da sua distribuição geográfica. A análise de dados filogeográficos permite dar informação sobre os processos de diferenciação das populações e sobre a história evolutiva e demográfica das mesmas. As suas aplicações vão hoje desde a genética de conservação até ao estudo da evolução das espécies e populações animais.
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